BioPIE：用于高推理复杂性实验的生物医学协议信息提取数据集

用于生物医学实验的问答（QA）系统促进跨学科交流，并作为下游任务（例如实验室自动化）的基础。高信息密度 (HID) 和多步推理 (MSR) 给生物医学实验 QA 带来了独特的挑战。提取结构化知识（例如知识图谱（KG））可以极大地有益于生物医学实验质量保证。现有的生物医学数据集侧重于一般或粗粒度知识，因此无法支持 HID 和 MSR 所需的细粒度实验推理。为了解决这一差距，我们引入了生物医学协议信息提取数据集（BioPIE），该数据集提供了以程序为中心的实验实体、动作和关系的知识图谱，其规模支持跨协议的生物医学实验推理。我们评估 BioPIE 上的信息提取方法，并实施利用 BioPIE 的 QA 系统，展示测试、HID 和 MSR 问题集的性能提升，表明 BioPIE 中的结构化实验知识支持人工智能辅助和更自主的生物医学实验。