阐明细胞显微镜流量匹配的设计空间

摘要

流量匹配生成模型越来越多地用于模拟细胞对生物扰动的反应。然而，构建此类模型的设计空间很大且尚未得到充分探索。我们系统地分析了细胞显微镜图像的流匹配模型的设计空间，发现许多流行的技术是不必要的，甚至会损害性能。我们开发了一个简单、稳定且可扩展的配方，用于训练我们的基础模型。我们将模型比之前的方法扩大了两个数量级，与之前的方法相比，FID 提高了两倍，KID 提高了十倍。然后，我们使用预先训练的分子嵌入来微调我们的模型，以实现模拟对看不见的分子的响应的最先进的性能。代码可在 https://github.com/valence-labs/microscopy-flow-matching 获取