论文

OpenTME：来自 TCGA 的人工智能驱动的 H&E 肿瘤微环境概况的开放数据集

OpenTME: An Open Dataset of AI-powered H&E Tumor Microenvironment Profiles from TCGA

Maaike Galama; Nina Kozar-Gillan; Christina Embacher; Todd Dembo; Cornelius Böhm; Evelyn Ramberger; Julika Ribbat-Idel; Rosemarie Krupar; Verena Aumiller; Miriam Hägele; Kai Standvoss; Gerrit Erdmann; Blanca Pablos; Ari Angelo; Simon Schallenberg; Andrew Norgan; Viktor Matyas; Klaus-Robert Müller; Maximilian Alber; Lukas Ruff; Frederick Klauschen来源日期：2026.04.14

模型评测基准与评测资源

摘要

肿瘤微环境 (TME) 在癌症进展、治疗反应和患者结果中发挥着核心作用，但常规苏木精和伊红 (H&E) 染色组织病理学的大规模、一致和定量的 TME 表征仍然很少。我们推出了 OpenTME，这是一个预先计算的 TME 配置文件的开放访问数据集，源自癌症基因组图谱 (TCGA) 中五种癌症类型（膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、肝癌和肺癌）的 3,634 张 H&E 染色全玻片图像。所有输出均使用 Atlas H&E-TME 生成，Atlas H&E-TME 是一款基于 Atlas 系列病理学基础模型构建的人工智能应用程序，可执行组织质量控制、组织分割、细胞检测和分类以及空间邻域分析，每张玻片以细胞级分辨率产生超过 4,500 个定量读数。 OpenTME 可用于 Hugging Face 的非商业学术研究。随着时间的推移，我们将继续扩展 OpenTME，并预计它将成为生物标志物发现、空间生物学研究和 TME 分析计算方法开发的资源。