论文

AblateCell:面向虚拟细胞代码库的先复现再消融智能体

AblateCell: A Reproduce-then-Ablate Agent for Virtual Cell Repositories

智能体系统Agent 架构与控制循环

摘要

系统性消融对于归因AI虚拟细胞(AI Virtual Cell)的性能提升至关重要,但由于生物代码库标准化不足且与领域特定数据和格式紧密耦合,这类消融很少被实施。尽管近期的编程智能体能将想法转化为实现,但它们通常止步于生成代码,缺乏能复现强基线并严格检验哪些组件真正重要的验证器。我们提出AblateCell,一个面向虚拟细胞代码库的先复现再消融智能体,以弥合这一验证缺口。AblateCell首先通过自动配置环境、解决依赖和数据问题、重跑官方评估并输出可验证产物,端到端地复现已报告的基线。随后它通过生成隔离的代码库变异图,并在权衡性能影响与执行成本的奖励下自适应地选择实验,开展闭环消融。在三个单细胞扰动预测代码库(CPA、GEARS、BioLORD)上进行评估,AblateCell实现了88.9%(比人类专家高29.9%)的端到端工作流成功率,以及93.3%(比启发式方法高53.3%)的真值关键组件恢复准确率。这些结果使得直接在生物代码库上进行可扩展、以代码库为依据的验证与归因成为可能。

AblateCell:面向虚拟细胞代码库的先复现再消融智能体:论文配图
图 2:AblateCell 重现然后消融框架概述。该系统 (i) 通过 Docker 容器中的规划器执行器代理重现基线,然后 (ii) 通过强盗采样选择假设进行自主消融,并通过隔离工作树中基于图形的工作流程执行,并在整个领域知识的指导下进行。