CellScientist：从执行反馈到细胞扰动预测的可审核模型修订轨迹

细胞扰动响应建模需要协调选择表示、融合机制、目标和训练程序。 大语言模型 (LLM) 可以提出可执行候选，但无约束的修订可能会产生无效的实现、更改任务语义或丢弃有用的组件。我们推出了 CellScientist，这是一种协议约束的工作流程，可将执行和验证反馈转换为可审核的模型修订轨迹。它记录设计状态和结果，将差异路由到特定组件，并根据固定任务合同应用本地修订。匹配预算研究修复了候选语言、预测器、拟合和评估器：结构化修订在两个 LLM 主干下以小预算找到更好的保留预测器。运营审计将历史记录与更少的重复提案联系起来，将合同检查与所包含的违规行为联系起来，并将差异路由与有针对性的维修联系起来。在独立获得的队列上对两种冷冻设计进行改装，评估外部预测效用。开放工作流程轨迹保留了改进、回归和失败，而转录组和单细胞搜索将应用扩展到其他响应空间。 CellScientist 生成选定的预测因子及其发展的可检查记录。项目页面：https://limengran98.github.io/CellScientist/。