LPDP：使用编辑流程进行可变长度 DNA 生成的推理时间奖励控制

我们研究了最近的编辑流程在 DNA 序列生成的推理时间奖励控制中的应用。与大多数在固定长度序列空间上运行的奖励引导 DNA 生成框架不同，编辑流程有可能通过生物学上合理的插入、删除和替换操作生成可变长度 DNA。特别是，我们提出了局部扰动离散编程（LPDP），这是一种 无需训练、中间状态和动作感知局部解析算子，用于推理时的可变长度 DNA 编辑动作生成器。更具体地说，在每个引导采样轨迹步骤中，LPDP 对单步根编辑进行评分，保留接近最佳的根带，并通过围绕其子序列求解有界局部离散程序来重新排列每个保留的根。该本地程序使用编辑操作的类型化几何来专注于连贯的替换、插入或删除子图，并通过硬最大备份或软对数和指数 (LSE) 备份聚合本地延续。我们以两种方式实例化 LPDP：用于增强子优化的前载奖励倾斜，其中早期编辑对于建立全局调控序列结构至关重要，以及用于外显子-内含子-外显子修复的后载奖励倾斜，其中后期编辑微调剪接边界上下文。