论文

使用自主LLM引导树搜索的前瞻性多病原体疾病预测

Prospective multi-pathogen disease forecasting using autonomous LLM-guided tree search

应用与实践科学研究

摘要

传染病的概率预测对公共卫生至关重要,但依赖于专家建模团队劳动密集型的人工模型策划。这种定制化开发制约了向精细地理分辨率或新发病原体扩展的能力。在此,我们提出一个自主系统,使用大语言模型(LLM)引导的树搜索来迭代生成、评估并优化可执行的预测软件。在2025-2026美国呼吸道疾病流行季的完全前瞻性实时评估中,该系统自主发现了方法学多样的流感、COVID-19与呼吸道合胞病毒(RSV)模型。聚合这些机器生成的模型所得到的集成,在样本外持续媲美或超越作为金标准、由人工策划的美国疾病控制与预防中心(CDC)hub集成。该系统成功应对了RSV数据稀缺的“冷启动”场景。此外,受控的回顾性消融实验揭示:优化对数尺度距离指标可以防止奖励作弊(reward hacking),而自动化的judge-in-the-loop机制确保对复杂科学理论的结构保真。通过自主地将流行病学理论转化为准确、透明的代码,该框架克服了建模人力瓶颈,使专家级疾病预测能够以前所未有的规模快速部署。

使用自主LLM引导树搜索的前瞻性多病原体疾病预测:论文配图
图1:流行病学预测任务和评估框架概述。 a、滚动提交方案。历史监测数据(黑线)可一直到预测原点(垂直虚线)。在每个每周提交点,都会生成随后四个目标周的预测(水平箭头)。 b,示例提交周的概率预测。该模型以观测数据的末尾为原点,通过 23 个分位数为四个目标范围中的每一个生成完整的预测分布。虚线表示中值轨迹。 c,每种病原体的任务维度和规模:52 个美国司法管辖区,4 周范围,23 分位数分布,每周更新。 d,加州每周因流感(上)、COVID-19(中)和 RSV(下)入院的样本时间序列,具有用于验证(蓝色)、回顾性测试(红色)和前瞻性评估(绿色)的非重叠时间分割。