Chem2Gen-Bench：微扰响应空间中化学到遗传转化的基准测试

虚拟细胞和扰动模型越来越多地用于预测生物医学发现的细胞反应，但化学和遗传扰动不能自动互换。现有的评估通常分别研究化学反应预测或遗传扰动预测，从而使目标匹配的化学到遗传的翻译未经测试。我们引入了 Chem2Gen-Bench，这是一个包含 260,084 个化学和 1,099,045 个遗传扰动概况的基准，这些扰动概况组织成细胞目标上下文，并评估成对比对、检索、协议协变量关联、特征空间和基础模型嵌入。在匹配的上下文中，翻译保真度是可测量的，但存在异构性；背景调整增加了成对相似性和检索成功之间的关联，而配对测试显示在评估设置下调整后平均检索成功率较低。在目标匹配的 K562 审计中，评估的基础模型嵌入并没有持续改善基因增量基线。 Chem2Gen-Bench 提供了一个可审核的框架，用于测试何时化学和遗传扰动围绕共同目标对齐以及何时代表性增益得到匹配的扰动证据的支持。