论文

SP-Mind:面向空间蛋白质组学分析的自主推理智能体

SP-Mind: An Autonomous Reasoning Agent for Spatial Proteomics Analysis

应用与实践科学研究

摘要

空间蛋白质组学能在组织结构内实现单细胞分辨率的蛋白表达表征——在理解肿瘤微环境与指导精准医疗中起关键作用。但当前分析工作流仍然碎片化——需要专家手动编排异构工具——限制研究可扩展性与可复现性。我们提出SP-Mind——首个为统一空间蛋白质组学分析管线而设计的自主AI智能体——从原始多重组织成像到下游表型发现。SP-Mind配备专家策展的生物分析技能与专门计算工具——把自然语言查询转换为端到端分析工作流——无需任务特定微调。为严格评估其能力——我们介绍SP-Bench——横跨多样组织类型、含18个不同类别102个任务的综合基准。经SP-Bench与既有下游任务的大量评估——SP-Mind相较既有开源生物医学智能体基线取得最先进性能。代码公开于 https://github.com/tomtommyyuan/spmind。

SP-Mind:面向空间蛋白质组学分析的自主推理智能体:论文配图
图 1:SP-Mind 框架和绩效评估。空间蛋白质组学工作流程和 SP-Mind 架构的简要说明(左和中)。 SP-Bench、细粒度量化和细胞注释的基准测试结果证明了 SP-Mind 与基线代理相比具有最先进的性能(右)。