论文
Pepti-drift:无需推理时间指导即可生成可扩展的安全活性肽
Pepti-drift: Scalable Safe-Active Peptide Generation Without Inference-Time Guidance
摘要
治疗性肽是一种有前途的药物方式,但它们的产生必须满足多种治疗限制。我们引入了 BindSafe-PepBench,这是一个固定预算基准,可联合评估同一生成候选对象的目标绑定和四个主要安全指标。我们发现肽长度是联合结合安全性评估的主要混杂因素:较长的肽往往具有更强的预测结合但不太有利的预测安全性。这产生了明显的权衡,并且可能使具有不同输出长度分布的模型之间的比较产生偏差。我们报告绝对安全主动产量和精确长度匹配增益,以区分生成性改进和输出长度效应。高安全主动产量仍然具有挑战性,而最强大的多属性方法依赖于昂贵的推理时间指导。因此,我们引入了 Pepti-drift,这是一种一步生成框架,它结合了对特定目标结合物的吸引力和对责任相关区域的排斥,需要单个潜在的细化,然后在没有推理时间指导的情况下进行并行解码。在 88 个保留的目标中,Pepti-drift 实现了 18.37% 的预测安全活性收益率,同时保留了正的精确长度匹配增益。由此产生的收益与多属性引导基线相比具有竞争力,同时需要降低 468 倍的生成成本,从而实现可扩展且公平的高通量肽设计。