Design-CP：蛋白质纳米粒子设计的上下文并行性

许多全原子生成蛋白质模型原则上可以通过对所有链进行联合建模来设计大型多聚体复合物，但随着建模的链和残基数量的增长，它们的二次标记和原子对表示很快就会超过单 GPU 内存。我们引入了 Design-CP，这是 RFdiffusion 3 的两种上下文并行 (CP) 推理策略（1D 行分片和带环注意力的 2D 网格分片），可在多 GPU 网格上分配二次激活，同时保留预训练的权重。我们在对二十面体组件进行采样时描述了它们的缩放特性，表明最大可行的不对称子单元 (ASU) 大小随着 GPU 数量的预期平方根趋势而增长，并且 2D 分片实现了更好的挂钟缩放。此外，我们还展示了强大的点群对称约束如何使 CP 可开箱即用地用于二十面体纳米颗粒的端到端全原子设计，从而在计算机结构和界面度量中产生有利的结果。最后，我们在一小群工作站级 16GB GPU 上演示了八面体纳米粒子设计，说明 Design-CP 如何成为实现大规模组装蛋白质设计民主化的实用途径。