论文

用大语言模型驱动的智能体系统为生物系统自动发现常微分方程

Automatic Ordinary Differential Equations Discovery For Biological Systems Using Large Language Model Powered Agentic System

应用与实践科学研究

摘要

自动科学发现长期是计算学者的目标——一台能自主发现自然奥秘的机器:让计算系统超越数据拟合工具,走向生成与精炼宇宙机制模型。符号回归(SR)与基于LLM的智能体的近期进展提示此类系统能从数据恢复方程、纳入领域先验并自动化部分研究工作流。但多数既有方法要么聚焦狭窄的方程发现基准,要么是宽泛的端到端自动化管线,而生物系统相对未被充分探索。我们介绍MEDA系统:一个LLM与SR驱动的智能体框架,用于发现生物与仿生动力系统的常微分方程(ODE)模型。MEDA检索背景知识、定义可采纳变量、生成机制约束、提议候选ODE并拟合评估。我们在规范模型检索、面向未见变体的推理式外推、以及有无实验数据的开放式发现上评估。跨这些设定:MEDA恢复正确的状态变量,在检索与外推任务上取得强结构恢复,并产出生物学上合理的面向发现的模型。消融与鲁棒性分析显示:知识引导的形式化与机制约束是承重组件——仅数值拟合会保留轨迹兼容但生物学错误的方程。