AMPBench-MT：抗菌肽效力、谱图和安全性预测的同源控制基准

计算 AMP 发现通常通过 AMP/非 AMP 识别进行评估，但后续决策取决于测定得出的证据，例如目标物种效力、溶血、毒性和选择性。现有的 AMP 和肽基准涵盖二元识别、多标签注释、测定回归或更广泛的肽模型比较，但它们并未将 AMP 识别、物种条件效力、谱图、面向安全的代理端点和跨端点行为共同置于一个序列同源性控制方案中。为了解决这个问题，我们引入了 AMPBench-MT，这是一种保留来源的基准，可标准化规范肽记录并将其组织成二进制识别、物种条件 pMIC 回归以及端点特​​定效力和面向安全的读数。在 161 个端点特定模型评估中，高二元性能并不能可靠地表明检测端点行为。冻结的蛋白质语言模型嵌入形成了主要的 pMIC 错误簇，而图和经典回归量仍然接近。谱标签进一步揭示，在观察到的阴性结果很少的情况下，以 PR 为导向的指标可能会产生误导，而低毒性、HC50 溶血和选择性会暴露更小但更面向分析的信号。 AMPBench-MT 表明 AMP 评估应该超越认可排行榜，转向端点感知证据审核。我们建议的基准可在 https://huggingface.co/datasets/ZihengZhou06/AMPBench-MT 上找到。