KneePreM:以无标注膝MRI预训练提高标注效率
KneePreM: Towards 3D Knee MRI Foundation Models via Large-Scale Unlabeled Pretraining and Label-Efficient Fine-Tuning
摘要
背景:大量未标记的膝关节 MRI 扫描可在各个存储库中获得,但仍然没有得到充分利用。我们开发了 KneePreM,这是一种针对膝盖的 3D 自监督模型,并评估了分类和分割的传输和标签效率。方法:对来自 4,791 名参与者的 19,011 个未标记骨关节炎倡议 (OAI) MRI 系列的 3D U-Net 掩码自动编码器进行预训练。下游微调使用完整和简化的训练集进行 fastMRI+ 双标签分类(1,172 个检查)、关节镜部分半月板切除术 (APM) 八目标分类(1,716 个检查)、SKM-TEA 分割(155 个检查)和 APM 分割(25 个检查)。基线是随机初始化和 SuPreM。部署工作流程是通过模型上下文协议接口实现的。评估指标包括平衡准确率、F1 分数、ROC AUC、PR AUC 和 Dice 分数。统计分析使用bootstrap置信区间和配对bootstrap检验进行分类,使用 Wilcoxon 符号秩测试进行分割。结果:KneePreM 实现了比 fastMRI+ 和 APM 的基线更高的全数据宏观 ROC AUC(所有 p < .001)。对于 fastMRI+ 分类,KneePreM 使用 50% 的训练数据实现了 0.722 的 ROC AUC,超过了两个完整数据基线。在 APM 分类中,KneePreM 在 70% 的数据下达到了 0.740 的 ROC AUC,与全数据随机基线匹配,表现优于 SuPreM。对于 SKM-TEA 分割,其 70% 数据 Dice 为 0.838,超过了全数据随机基线 (0.835) 和两个相同预算的比较器。在 APM 分割中,其 75% 数据 Dice 为 0.746,超过了全数据随机基线 (0.731) 和两个相同预算的比较器。结论:KneePreM 提高了膝关节 MRI 分类和分割任务的传输性能和标记效率,特别是当标记的训练数据有限时。