从 DNA 设计到 DNA 瘦身：可审计的 Agentic 发现仅删除设计器

紧凑的调控 DNA 可以释放载体有效负载中的空间，减少合成和分析负担，并揭示哪些序列特征驱动预测的活性。然而，大多数基于模型的核酸设计者通过替换来优化固定长度序列。他们不询问现有功能元件的哪些碱基可以被去除，同时保留预测的活性。我们将序列精简的任务定义为在保留活性的同时选择一个精确长度、保序的子序列。以设计基准 NucleoBench 为模型，我们提出了一种减肥的定量评估，可以平衡序列减少与维持功能。每个精简器必须返回子序列及其源索引，这些索引可用于验证精简器是否遵守任务要求。据我们所知，这是针对仅删除问题的第一个专用基准测试。然后，编码Agent经验研究助理（ERA）搜索可执行的设计器程序。 ERA收到任务提示和成功的仅替换设计器GrAdaBeam作为启动程序，并修改了设计器以产生GRADASLIM。我们报告了对 5 个转录因子结合靶标的持续评估，比较了 400 bp 和 100 bp 的随机、贪婪和 ERA 引导瘦身。 ERA 在 9/10 设置中具有最高平均值。 ERA 减去贪婪的配对引导间隔在所有 5 个 400 bp 设置中都高于零，在一个 100 bp 设置中低于零，并且在其余四个设置中重叠为零。