ORBIT-FMIB：通过 ESM-2 跟踪按阶次解析的遗传上位性信息

蛋白质基础模型支持突变效应和结构预测，但仅预测性能并不能揭示哪些形式的生物相互作用信息仍然可以通过模型深度访问。我们询问 ESM-2 是否在其表示层次结构中保留了与一阶和二阶信息一样强的高阶遗传上位性信息，并引入了 ORBIT-FMIB，这是一种将基于 Walsh 的交互分解与子集条件神经依赖性估计相结合的诊断框架。该方法在使用冻结 ESM-2 表示法应用于密集的四位点 GB1 适应度景观之前，在具有已知相互作用结构的合成景观上进行了验证。初次正式实验运行表明，ESM-2 保留高阶遗传上位性信息的效果不如低阶信息 ($Δ_{HO-LO}=-0.107$)。在匹配的 GPU 硬件和相同的critic种子下，完整测量网格的独立复现大大降低了这种对比度（$Δ_{HO-LO}=-0.017$），并且其符号在应用于相同训练有素的critic（$-0.011$ 至 $+0.015$）的其他合理的评估配对选择中不稳定。因此，我们目前没有强有力的证据表明 ESM-2 选择性地丢失高阶遗传上位性信息，也没有证据表明各阶的保留是相等的；方向问题仍然悬而未决。测量协议本身，包括记录在案的删除汇总critic中的位置子集快捷方式，仍然经过验证，并且不受这一发现的影响。 ORBIT-FMIB 作为诊断框架提供，用于探测蛋白质基础模型中的相互作用结构；这项研究本身的复现结果说明了为什么这种探测在其输出被视为生物学发现之前需要足够有力的再现性检查。