论文

迈向可本地部署的Agentic联合科学家:早期药物发现的小模型规划

Toward a Locally Deployable Agentic Co-Scientist: Small-Model Planning for Early-Stage Drug Discovery

智能体系统Agent 规划

摘要

早期计算药物发现需要跨多步骤工作流程协调异构科学工具。我们提出了一个轻量级的工具增强框架,其中一个可本地部署的紧凑语言模型计划调用 18 个模块化工具。统一分子模式维护共享分子记录,而插件接口支持工具替换和扩展。我们通过工作流图路径覆盖构建了 1,263 个手动精炼的查询计划对,并将 LoRA 微调应用于三个紧凑模型系列。在查询级拆分下,所有微调模型都针对 47 个留出跨组查询生成完全可解析且符合架构的计划。 Llama 3.2-3B 的工具选择 F1 为 0.998,序列精确匹配为 0.979,参数 F1 为 0.960。在更严格的工作流分组分割(排除跨分区的相同有序工具序列)下,序列精确匹配达到 0.452 至 0.548,凸显了紧凑模型在生成训练期间未见的完整工作流路径方面的剩余困难。这些结果证明了紧凑的、可局部部署的规划的可行性,同时将组合泛化确定为进一步改进的重要方向。

迈向可本地部署的Agentic联合科学家:早期药物发现的小模型规划的原论文方法或结果图
图 1:(a) 用户查询由经过微调的LLM Planner 转换为执行计划,并通过工具集执行。工具读取和写入统一分子模式 (UMS) 的授权块,该块维护每个分子的共享状态。评估器检查生成的 UMS 记录,并将筛选结果返回给用户或向规划器提供重新规划的反馈,直到完成或达到重试限制。 (b) 当前的工具集包含 18 个工具,分为四个功能组:分子设计和生成、分子可开发性、目标参与和知识提取,以及跨组多目标排序器。 (c) 端到端示例。该示例的详细信息如附录 D.2 所示。